Transmission cluster of COVID-19 cases from Uruguay: emergence and spreading of a novel SARS-CoV-2 ORF6 deletion

BACKGROUND Evolutionary changes in severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) include indels in non-structural, structural, and accessory open reading frames (ORFs) or genes. OBJECTIVES We track indels in accessory ORFs to infer evolutionary gene patterns and epidemiological links between outbreaks. METHODS Genomes from Coronavirus disease 2019 (COVID-19) case-patients were Illumina sequenced using ARTIC_V3. The assembled genomes were analysed to detect substitutions and indels. FINDINGS We reported the emergence and spread of a unique 4-nucleotide deletion in the accessory ORF6, an interesting gene with immune modulation activity. The deletion in ORF6 removes one repeat unit of a two 4-nucleotide repeat, which shows that directly repeated sequences in the SARS-CoV-2 genome are associated with indels, even outside the context of extended repeat regions. The 4-nucleotide deletion produces a frameshifting change that results in a protein with two inserted amino acids, increasing the coding information of this accessory ORF. Epidemiological and genomic data indicate that the deletion variant has a single common ancestor and was initially detected in a health care outbreak and later in other COVID-19 cases, establishing a transmission cluster in the Uruguayan population. MAIN CONCLUSIONS Our findings provide evidence for the origin and spread of deletion variants and emphasise indels' importance in epidemiological studies, including differentiating consecutive outbreaks occurring in the same health facility.

Infecciones intrahospitalarias por adenovirus en niños asistidos en el Centro Hospitalario Pereira Rossell, 2001-2006 / Intra-hospital adenoviral infections in children seen at the Pereira Rossell Hospital Center, 2001-2006

Introducción: las infecciones nosocomiales por adenovirus en niños generalmente son más severas que las adquiridas en la comunidad. Desde el año 1999 se implementa una estrategiadenominada Plan de Invierno que tiene por objetivo mejorar la atención de los niños que se hospitalizan por infecciones respiratorias agudas bajas (IRAB) y prevenir las infecciones intrahospitalarias (IH) por virus respiratorios, en especial adenovirus. A pesar de ello se siguen notificando casos de infecciones intrahospitalarias por adenovirus en el Centro Hospitalario Pereira Rossell en los últimos años, lo cual nos motiva a describir lascaracterísticas de las mismas durante el período del 1° de enero del año 2001 al 31 de diciembre de 2006. Material y método: se diseñó un estudio retrospectivo descriptivo basado en la revisión de las historias clínicas de los pacientes, la base de datos informatizada pediasis del hospital,versión 4.02M, registros de la Comisión de Infecciones Intrahospitalarias y el Comité de Fallecidos del hospital. La muestra quedó conformada por 58 pacientes mayores de 29 días ymenores de 5 años que cumplían los criterios para infección respiratoria aguda baja intrahospitalaria viral y se confirmaba por la detección de antígenos de adenovirus en lassecreciones respiratorias por técnica inmunocromatográfica o inmunofluorescencia. Resultados: la mayoría de los pacientes eran varones sanos, 55 de los pacientes requirió internación en centro de tratamiento intensivo, 10 presentaron secuelas pulmonares al egreso y 19 falleció. Se observa una disminución en el número de IRAB intrahospitalarias en los últimos dos años (2005-2006), no registrando ningún fallecido.

Introduction: nosocomia infections due to adenovirus in children are usually less severe than those acquired in thecommunity. Since 1999 we implemented a strategy named Winter Plan, with the purpose of improving health careservices provided to children hospitalized due to acute lower respiratory infections (ALRI) and preventing intrahospital infections due to respiratory virus, especiallyadenovirus. In spite of this, cases of adenoviral intra-hospital infections continued to be reported the last year, atthe Pereira Rossell Hospital, what encourages us to describe their characteristics from January 1, 2001 through December 31, 2006. Method: we designed a retrospective descriptive study based on the review of medical histories, the hospitalÆs pediasia database - version 4.02M-, records by the Intra-Hospital Infections Commission and the HospitalÆs DeceasedCommittee. The sample consisted of 58 patients older than 29 days of age and younger than 5 years old that met the criteria of intra-hospital viral acute lower respiratory infection, confirmed by the detection of adenovirusantigens in respiratory secretions through immunochromatographictechnique or immunofluorescence.Results: most patients were healthy boys, 55 of patients required hospitalization in the ICU, 10 presented pulmonary sequels upon discharge, and 19 of patients died. We found a decrease in the number of intra-hospital ALRI in the last two years (2005-2006), there being no deaths.

Introdução: as infecções nosocomiais por adenovirus em crianças geralmente são mais graves que as adquiridas nacomunidade. Desde 1999 a estratégia Plano de Inverno vem sendo desenvolvida com o objetivo de melhorar a atenção das crianças hospitalizadas por infecçõesrespiratórias agudas baixas (IRAB) e prevenir as infecções intra-hospitalares (IH) por vírus respiratórios, especialmente os adenovirus. Apesar disso, nos últimos anos foramnotificados casos de infecções intra-hospitalares por adenovirus no Centro Hospitalar Pereira Rossell; por essarazão descrevemos suas características no período 1° de janeiro de 2001 a 31 de dezembro de 2006. Material e método: foi realizado um estudo retrospectivo descritivo baseado na revisão das histórias clínicas dos pacientes, na base de dados informatizada pediasis do hospital, versão 4.02M, nos registros da Comissão de Infecções Intra-hospitalares e Comitê de Falecidos dohospital. A amostra tinha 58 pacientes com mais de 29 dias de idade e menores de 5 anos com infecção respiratóriaaguda baixa intra-hospitalar viral confirmada pela detecção de antígenos de adenovirus nas secreções respiratórias por técnica imunocromatográfica ou imunofluorescência. Resultados: a maioria dos pacientes era do sexo masculino, sadios; 55 dos pacientes necessitaram internação na unidade de terapia intensiva, 10 apresentou seqüelas pulmonares na alta e 19 faleceu. Observa-se uma reduçãodo número de IRAB intra-hospitalares nos últimos dois anos (2005-2006), não havendo registro de nenhum óbito.

Infecciones transmitidas por sangre y fluidos biológicos en áreas asistenciales: guías para la profilaxis post exposición (PPE) accidental ocupacional a sangre y fluidos corporales en trabajadores / Infections transmitted by blood and body fluids in health care areas: guidelines for occupational accidental post exposure prophylaxis (PEP) to blood and body fluid in workers

Las medidas tendientes a evitar la exposición ocupacional a sangre y fluidos corporales, siguen siendo la principal herramienta para minimizar los accidentes que puedan representarun riesgo para la adquisición de infecciones transmitidas por estas vías, fundamentalmente, el Virus de la Inmunodeficiencia Humana (VIH), Hepatitis B y Hepatitis C. (1-7).Estas medidas incluyen los Procedimientos de Buenas Prácticas Clínicas que incluyen las Precauciones Standard, para lo que se debe disponer de los adecuados recursos instrumentales y físicos, educar al personal de salud y dar buena información al paciente, de modo quelas tareas se desarrollen en un ámbito laboral sin sobresaltos. De producirse una exposición ocupacional a sangre o fluidos corporales, se está anteuna emergencia médica para la que el personal sanitario tiene que estar técnicamente preparado, además de contarse con los recursos necesarios para brindar una profilaxis oportuna y eficaz, siendo éste el objetivo de estas Guías. Para la prevención pre-exposición de la infección por el Virus de la Hepatitis B (VHB) existe la vacunación anti Hepatitis B que es obligatoria para el personal que ingresa a trabajar al Sector Salud en nuestro país, lo cual minimiza el riesgo de contraer la infección. No existe profilaxis específica para la infección por el Virus de la Hepatitis C (VHC) por vía de vacunas ni por medicación.Tampoco existe vacuna específica anti VIH. La administración precoz de un planantirretroviral (ARV) ha probado ser eficaz en disminuir el riesgo de la infección post accidental por el VIH Por lo cual nos ocuparemos en primer lugar de la profilaxis post exposición accidental ocupacional por VIH y luego por VHB, aunque en la práctica éstas deben ser encaradas simultáneamente,así como la determinación del estado serológico para VHC.

Seroprevalencia para los virus de la inmunodeficiencia humana, hepatitis B y C en usuarios de drogas inyectables. Uruguay, 2003 / Seroprevalence of HIV, hepatitis B and C virus among intravenous drug users. Uruguay, 2003

En Uruguay las seroprevalencias de las infecciones causadas por VIH, hepatitis B y C son marcadamente m s elevadas en poblaciones de riesgo. Importa conocerlas, así como sus posibles causas, con la finalidad de implementar intervenciones apropiadas. El objetivo del trabajo consiste en conocer la prevalencia de las infecciones causadas por VIH, hepatitis B y C en usuarios de drogas por vía inyectable, mayores de 18 años, que habitaban en Montevideo y en el rea metropolitana en el año 2003; simult neamente analizar la influencia de los consumos inyectables, de las pr cticas sexuales y de ciertos comportamientos en la prevalencia de dichas infecciones. Del universo de usuarios de drogas por vía inyectable que habitaban el rea metropolitana de Uruguay se seleccionó una muestra de 200 individuos mayores de 18 años y que hubiesen comenzado su consumo después de 1980. La captación se realizó mediante la técnica de "bola de nieve", entre octubre y diciembre de 2003. Se diseñó un estudio de prevalencia, utilizando una fuente de datos primaria, abordada mediante un estudio serológico y una entrevista simult neamente. Las pr cticas de riesgo se analizaron mediante el c lculo de prevalencias relativas (PR) y sus intevalos de confianza de 95 por ciento. La asociación estadística se determinó mediante la prueba de chi cuadrado de Mantel Haenszel. El nivel de significación estadística fijado fue de 0,10 (p< 0,10). Las prevalencias halladas fueron 18,5 por ciento para virus de inmunodeficiencia humana; 19,5 por ciento para virus de la hepatitis B, y 21,5 por ciento para virus de la hepatitis C; 33 por ciento presentó alguna de las infecciones, 15 por ciento registró una, 9,5 por ciento dos y 8,5 por ciento hasta tres. Para todas las infecciones las características de inyectarse con frecuencia semanal o mayor, haber consumido m s de dos años, compartir jeringas y agujas, limpiar el material de punción para reutilizarlo, tener pareja sexual positiva para el virus de la inmunodeficiencia humana o portadora de síndrome de inmuno deficiencia adquirida o usuarios de drogas inyectables, y haber estado preso alguna vez resultaron ser, o mostraron tendencia a ser, factores de riesgo para infectarse. Las prevalencias halladas fueron menores que las de los países de la región. No obstante, la tercera parte de los usuarios de drogas inyectables se encuentran infectados por alguno de los virus, vinculado a conductas de riesgo propias de este colectivo.

Prevalencia de hepatitis A en niños de 2 a 14 años y en población laboral de 18 a 49 años en Montevideo, Uruguay / Prevalence of Hepatitis A in 2 to 14 year-old children and in working population aged 18 to 49 years in Montevideo, Uruguay

La hepatitis por virus A es un problema de salud pública mundial. Es la más frecuente de las hepatitis virales tanto en países desarrollados como en desarrollo y aumenta su incidencia con el aumento de la edad de la población. La aparición de vacunas que previenen la enfermedad hace necesario conocer sus características epidemiológicas con vistas a establecer sus indicaciones. En Montevideo no se disponía de datos representativos de prevalencia en niños y adultos. Esta investigación se realizó con el objetivo de determinar la prevalencia de la infección por el virus de la hepatitis A (HAV) en niños de 2 a 14 años y en población laboral entre 18 y 49 años en diferentes franjas de edad, en Montevideo; la prevalencia en manipuladores de alimentos; la relación de la adquisición de la infección con la edad y con las condiciones sanitarias. Se calculó el tamaño de la muestra en 896 niños, para luego dividirlas en las franjas establecidas según la misma proporción que la población de Montevideo. Se estimó una prevalencia de infección de 30 por ciento de acuerdo con los datos disponibles, con un error permitido de 3 por ciento y un coeficiente de confianza de 95 por ciento. La mitad de los niños procedía del sector público (Centro Hospitalario Pereira Rossell, Grupo 1), y la otra mitad del sector privado (Centros de Asistencia con sistema prepago, Grupo 2). El tamaño de la muestra para los adultos fue de 1.067, estimando una prevalencia de 50 por ciento de acuerdo con los datos disponibles, con un error permitido de 3 por ciento y un intervalo de confianza de 95 por ciento. Para el caso de los niños se obtuvo una muestra de sangre cuando concurrían a extracción por motivos ajenos al estudio, incluso al azar y previa firma del consentimiento informado por el responsable del niño. Se excluyeron los niños con alteraciones conocidas de la inmunidad. Se recabaron datos de interés epidemiológico sobre la enfermedad: domicilio, condición sanitaria, antecedentes personales y familiares de hepatitis. Las personas adultas incluidas al azar en el estudio fueron aquellas que aceptaron participar y firmaron el consentimiento por escrito al concurrir al Centro Clínico Medilab por motivos ajenos al estudio: para la realización del examen de Carné de Salud Básico necesario en toda persona en actividad laboral. Se obtuvo una muestra de sangre de 5 ml. y se completó una ficha predeterminada, similar a la de los niños...